子李发动政变，推翻了李珲的政权，将他的亲信大臣全部诛杀，而李珲本人也被抓获，带到庆运宫。
当时他的庶母仁穆大妃，因为当年被李珲囚禁，为了泄愤，要求将李珲处死，好在被群臣劝阻，不过随后仁穆大妃以先王的名义颁布教书，谴责光海君废母杀弟、大兴土木和背叛明朝等罪行，废黜王位，并命李继位。
尽管李已经被废，押送到江华岛囚禁，但仁穆大妃对他仇恨难消，在废位教书之外又开出三十六条罪状，加上了气死宣祖、通奸父妾等罪名，上书大明，从外还在给明朝的奏文中加入“早加刑章、以谢人民”之语，企图请求明朝处死光海君，不过被领议政李元翼劝止。
其后，大明多次过问李珲的情况，加之袁可立曾欲举兵渡海征伐李这个逆臣，虽然后来取消行动，但李还是相当害怕，也没敢杀掉李珲。李珲就这样苟活了下来。