天策军来说基本上不存在了，有守备师之后，卫所就是个累赘，至于卫所军官们的反抗，孔有德巴不得他们揭竿而起，刚好趁机将他们一打尽。
于是，在孔有德与秦致远，宋统殷经过商议之后，废除卫所的命令就被下发执行了。
天策军控制范围内一共个卫，直接被一次性废除，而后根据各个卫所的实际情况，分别处理，有些并入其他的州县，有些则单独设立县。、
比如大嵩卫，离各个州县都比较远，而且控制区域非常大，划分到哪个县都不大合适，于是就就单独设立大嵩县，在比如灵山卫，离着胶州比较近，直接并入了胶州。
而那些军户，也全部转变为民户的身份，和普通百姓并没有什么区别，不再承担防卫领土的任务。